Начало создания зоологического музея КГУ можно отнести к 1798 году, когда уникальная коллекция князя Потемкина-Таврического вместе с библиотекой, по указу Павла I, были переданы Казанской гимназии и доставлены в Казань в 1799 году.

В начале XIX века коллекции использовались профессором К.К.Фуксом при чтении курсов "естественной истории" в Казанском императорском университете.

Позднее, при профессоре Э.Ф.Эверсмане (1828-1860), зоологический музей выделяется в самостоятельное учреждение.