Родился 25 декабря 1927 года в деревне Абдрахманово Абдуллинского района Оренбургской области в крестьянской семье. В годы Великой Отечественной войны совмещает учебу с работой в родном колхозе. В 1944 году М. Хабибуллин уехал в Челябинскую область, закончил ремесленное училище. В 1946 - 1953 годах работает токарем на металлургическом комбинате, мастером в буровой конторе города Октябрьска Башкортостана. В 1958 - 1966 годах живет и работает в рабочем поселке Бавлы, работает в редакции районных газет. В 1971 году заканчивает заочное отделение факультета татарского языка и литературы Казанского государственного университета.
С июня 1971 года М. Хабибуллин живет в Казани. Богатая биография дала писателю обширный жизненный материал для творчества: в рассказах, повестях, романах М. Хабибуллина читатель встечается с людьми разных профессий. Его первые литературные зарисовки появляются в 1950 годы в районной газете. В начале шестидесятых годов печатаются рассказы в республиканской периодической печати, в 1969 году в журнале "Казан утлары" - повесть "Восемнадцатая весна". М. Хабибуллин принес с собой в литературу новые темы, новые рожденные самой жизнью проблемы, новые характеры. С 80-х годов М. Хабибуллин начинает писать произведения, посвященные исторической теме. Писателя интересует прошлое и будущее своего народа. Сейчас он автор нескольких исторических романов. В 1996 году за успехи в восстановлении многовекового историко-культурного наследия татарского народа М. Хабибуллину присуждается Международная премия имени Кул Гали.