В 1874 году окончил Казанский университет. Еще студентом в лаборатории А.М. Зайцева и под его руководством Вагнер выполнил первые научные труды. С 1875 года Вагнер работал с А.М. Бутлеровым.
С 1882 года Е.Е. Вагнер - профессор кафедры химии института сельского хозяйства в Новой Александрии (ныне город Пулавы, Польша), с 1886 года - профессор кафедры органической химии Варшавского университета, затем состоял профессором Варшавского политехнического института, где организовал первоклассную лабораторию.
Вагнер является представителем казанской школы химиков. Его магистерская диссертация "Синтез вторичных спиртов и их окисление" (1885 г.) - блестящий экспериментальный труд бутлеровского направления, в котором уточняются правила окисления А.Н. Попова.
Работы Е.Е. Вагнера по установлению строения терпенов являются классическими. Хотя в области терпенов работали многие крупные иностранные химики, ни один из них не сделал так много смелых и правильных выводов, как Вагнер, в определении строения отдельных представителей терпенов. Вагнером были выяснены формулы строения лимонена, которые объяснили его генетическую связь с терпином и терпинеолом. Источник:http://www.kcn.ru/tat_ru/science/kch/vagner.htm
