В период перерегистрации наибольшую активность проявили протестантские организации, несмотря на внутренние разногласия, они проявили устойчивую тенденцию к объединению и созданию централизованных организаций. Так, в 2000 г. были созданы централизованные организации евангельских христиан-батжгов (фактическим лидером стала Казанская церковь "Путь спасения", действует с начала XX века) и христиан веры евангельской - пятидесятников (в центре Набережночелнинская церковь "Авен-Езер").
В Республике Татарстан представлены и новые религиозные движения (ахмадийя, бахаи, Церковь последнего Завета (висса-рионовцы), сахаджа-йога, вайшнавы (кришнаиты), саентологи и др.) в основном в Казани, Набережных Челнах, Альметьевске и Нижнекамске.

Причины возникновения новых религиозных движений идентичны во всем мире: идеологический кризис, "неповоротливость" традиционных конфессий, вступление в постиндустриальную фазу общественного развития. Условия молодых городов (Набережные Челны, Нижнекамск) - отсутствие традиций, осложненное проблемами экономического и социального характера, также способствуют возникновению новых движений именно в этих городах. Условно новые религиозные движения можно разделить на следующие группы: восточного происхождения, западного происхождения, имеющие российские корни и интерконфессиональные (представляющие синтез различных конфессий и культур).

Динамика численности организаций нетрадиционно-религиозных направлений за последние пять лет, показывает, что если по количеству последователей новые культы уступают традиционным религиям, то по своей активности они являются лидирующей группой. Проблема и в том, что большая часть из них действуют без регистрации, выступают под именем культурно-просветительской или иной организации (Агни-йога, Общество Рериха,ивановцы, КАРП, вальдорфские школы, Общество Шри Чин Моя и др.), но на самом деле они являются религиозными организациями. Это не позволяет составить точное представление о новых религиозных движениях, иметь статистические данные, достаточно точно отражающие положение дел.

Совет по делам религий при Кабинете Министров РТ координирует взаимодействие религиозных организаций и органов государственной власти. В течение года регулярной является информационная, аналитическая, экспертная работа, подготовка религиоведческих заключений. В связи с работой по приведению в соответствие законов К1 и РФ задерживается утверждение экспертного Совета, соответственно акцент в экспертной работе делается на религио-ведческих заключениях.

В 2000 г. был подготовлен и издан в рамках реализации Закона "О языках народов Республики Татарстан" "Краткий религиоведческий словарь-справочник на русском и татарском языках". В 2000 г. были изданы материалы международной конференции "Муса Бигиев: наследие и современность". При участии Совета по делам религий были изданы альбомы: "Мечети Татарстана" и "Православные храмы Татарстана".