Во второй половине XVI века в связи с политикой опричнины и почти постоянными войнами . Хотя Среднее Поволжье не испытало на себе особенно разрушительных последствий хозяйственной политики 1560-х гг., но являлось районом, где скапливалось большое число беглых крестьян. Улучшения своего положения они здесь не находили, лишь увеличивали массу недовольных русских крестьян в крае. Нерусское же население сопротивлялось усиливающейся политике христианизации, росту феодальной эксплуатации. Народные массы были уже готовы к восстанию, нужна была лишь искра, чтобы разжечь пожар борьбы. Как известно, в 1606 г. в России вспыхнуло крестьянское восстание под предводительством И. И. Болотникова. Внешним поводом для начала борьбы в нашем крае явилось продвижение в 1606 г. сюда отрядов 'царевича Петра' (Илейки Муромца или И. И. Горчакова - беглого свияжского холопа), выдававшего себя за не существовавшего сына царя Федора Ивановича. Он возглавил выступления недовольных политикой московских царей Бориса Годунова, а затем Василия Шуйского. В его отрядах были и служилые люди, преследовавшие свои интересы. Начальник личной охраны Лжедмитрия I француз Жак Маржерет в своих записках-воспоминаниях говорит 'о волнениях казаков, собравшихся до 4000 между Казанью и Астраханью' во время движения Илейки Муромца по Волге. Но именно здесь, под Свияжском, Илейка получил известие о гибели Лжедмитрия I, на встречу с которым он направлялся. После этого отряды казаков, по словам 'Нового летописца', 'поворотиша назад, многие городы и места разорвша и придоша к городу к Царицыну'. Однако борьба уже началась, и уже осенью 1606 г. весь край был охвачен восстанием. Против правительства Василия Шуйского поднялись многие города Казанского края, в их числе Ядрин, Курмыш, Козьмодемьянск, Чебоксары. Свияжск. Официальная летопись сообщала, что в Поволжье 'в твердости' (т. е. верными правительству) остались лишь 'немногие ... грады', среди которых упоминаются Казань и Нижний Новгород. О размахе движения говорит грамота царя Василия Шуйского свияжским воеводам (25 ноября 1606 г.), которая показывает обеспокоенность властей обстановкой в Среднем Поволжье. Царское правительство дает наказ воеводам Свияжска. Они должны были усилить контроль за служилыми людьми. Царь обещал прощение всем, кто принесет 'повинную', приказывал поймать 'новокрещена Андрюшку Казакова ... и ... татарина ...'. В Грамоте царь дал распоряжение свияжским воеводам направить для расправы с восставшими отряды из дворян и стрельцов Свияжска, Чебоксар, Цивильска, Козьмодемьянска, подкрепив их 'охочими' людьми из новокрещенов (татар и черемис). Свияжским воеводам наказывается 'жити с великим бережением' (быть настороже), постоянно иметь связь с казанскими воеводами. Но надежда царя на стойкость жителей Свияжска не оправдалась. Вскоре Свияжск целовал крест 'царевичу Дмитрию Углицкому'. Новая волна восстания вспыхнула в 1608 г. Центром ее стала Горная сторона -Чебоксарский и Свияжский уезды. Войско воеводы князя Ф. И. Шереметева, направленное против мятежной Астрахани, было повернуто в Среднее Поволжье. Через восставшие районы войско Шереметева двигалось медленно, испытывая 'великую нужду и страсти'. Так, от Царицына до Казани двигались два с половиной месяца. Казанский кремль он сделал своей ставкой, посылая отсюда войска против восставших. Но разгромленное в одном месте восстание тут же поднималось в другом. 1 января 1609 г. под Свияжском произошло новое сражение, где царские войска одержали победу. Царские воеводы доносили: 'государевы люди многих воровских людей свияжских и чебоксарских, и кокшайских, и алаторских, татар и мордву, и черемису побили наголову ж, и топтали их и кололи, что свиней, и трупу их положили на осми верстах'. После этого Шереметев лично направился на подавление Козьмодемьянска. Но спокойствия не наступило. Центром восстания становится Яранск, захваченный повстанцами 5 января 1609 г. Правительственная администрация здесь была низложена, восставшие выбрали миром, 'Еранский город ведати еранского сына боярского Асанчука Горихвостова'. После подавления восстания он был повешен. К весне восставшие объединили свои силы и готовились нанести удар по Свияжску. Во главе отрядов восставших стояли Еналейко Шугуров, Брюшейко, Яникеев, Федко Киреев и др. Против них казанские воеводы направили 'казанскую многу рать - дворян, детей боярских, и служилых людей, и мурз, и новокрещенов, и татар, и чувашу, и черемису, и вотяков, и лаишевских полоняников, и бусурманов, и казанских многих стрельцов с вогненным боем и с нарядом' (т. е. с огненным оружием и артиллерией). 10 марта 1609 г. под деревней Бурундуковой (недалеко от Свияжска) произошло сражение, в котором повстанческие отряды были разгромлены. Царь направил в Казань четыре грамоты: казанским воеводам, духовным властям (митрополиту), служилым людям и посадскому населению, нерусским привилегированным слоям и даже ясачному населению. Царь благодарил всех за верность, он указывал воеводам и дьякам не скупиться на обещания для нерусской части населения. В то же время Казань, окруженная со всех сторон восставшими, была фактически отрезана от Москвы. В осаде находился и Свияжск. Как говорилось в одной из монастырских челобитных, 'воеводы... и дворяне, и дети боярские, и татарове, и всякие служилые и земские люди от дворовых людей сидели в Свияжском в осаде'. Значительно пострадали во время восстания и монастырские вотчины. Антифеодальная борьба крестьян разворачивалась на фоне политической государственной нестабильности в Москве.
Во второй половине XVI века в связи с политикой опричнины и почти постоянными войнами 