Карл Фукс родился 6 сентября 1776 года, в городе Герборне. С 1793 года учился в местной академии, В 1798 году получил в Марбургском университете степень доктора медицины. С 1800 года работает в Санкт-Петербурге, в качестве практикующего врача. В 1801 году путешествует по России с естественно-историческими, в частности ботаническими, целями.
Осенью 1805 года назначен в Казанский университет ординарным профессором естественной истории и ботаники, уже с самого начала своей деятельности обратив усиленное внимание на постановку преподавания естествоведения и на устройство соответствующих учебно-вспомогательных учреждений университета.
К. Фукс положил твердое начало постановке в Казанском университете етествоведения и образованию молодой местной школы натуралистов. Кроме естественных и врачебных наук, он интересовался местной стариной, нумизматикой, этнографией, статистикой и востоковедением; занимал также выдающееся положение в качестве практикующего врача и филантропа.
С января 1818 года К. Фукс перемещен на кафедру терапии, патологии и клиники. В 1820-1823 годах - декан врачебного отделения. С 1821-1823 годы - библиотекарь университета. В мае 1823 года назначен, на один год, ректором университета.
В 30-х и 40-х годах дом К. Фукса, в котором, при ближайшем участии его жены Александры Андреевны, местной писательницы и поэтессы, устраивались литературные вечера, являлся умственным центром для всей казанской интеллигенции. Дом К. Фукса считали обязанностью посетить все выдающиеся лица (М.М. Сперанский, барон А. Гумбольдт, барон Гакстгаузен, А.С. Пушкин, граф Канкрин и мн. др.), заезжавшие в Казань. Умер К. Фукс 24 апреля 1846 года, в Казани, до самой кончины не оставляя научных занятий и своей обширной, в высшей степени популярной в Казани и во всем крае, медицинской практики.