Стороны в 1470 г. заключили мир, и в последующие 8 лет мирные отношения не нарушались. К середине 70-х годов XV в. Вятка вышла из подчинения Казани. Это было ощутимым уроном для казанских феодалов м купцов. В то же время присоединения Вятки усиленно добивались и московские бояре. Таким образом, интересы тех и других сошлись на Вятке. Казанские войск а зимой 1478 года совершили поход на Вятку по ложной вести, что войска Ивана III разбиты новгородцами, но вскоре возвратились по приказу Ибрагима, узнавшего о ложном характере вестей. Однако Иван III не успокоился, а направил войска весной 1478 г, на Казань, которые "повоевали" казанские волости во Волге и обстреляли Казань. Одновременно вятчане я устюжане совершили нападение на камские земли, В этих условиях хан Ибрагим, как пишет летописец, прислал к Ивану III посла "с челобитием" и заключил мир "якоше угодно бысть великому князю".
Хан Ибрагим умер в 1479 г. После его смерти в особенно после ликвидации золотоордынской угрозы 1480 года (хан Ахмат вскоре после событий на Угре был убит сибирским ханом Ибаком на своей зимовке) сложилась благоприятная обстановка для активного вмешательства во внутренние дела Казани со стороны московского великого княза Ивана III.
Иван III поддерживал то Али-хана, сына Ибрагима от первой жены, то Мухамед-Эмина, сына Ибрагима от второй жены. В 1484 г. посланные к Казани воеводы овладели городом и на место Али-хана "по великому князя наказу" посадили 15-летнего Мухамед-Эмин'. Али-хан бежал к ногайцам, но затем вновь возвратился В Казань, где при поддержке части казанского населения изгнал русского ставленника Мухамед-Эмина в 1485 г. и вновь сел на казанский престол.
Весной 1487 г. по приказу Ивана III большое войско во главе с воеводами и Мухамед-Эмином было направлено на Казань. С 18 мая по 9 июля велась обложная осада города и посада, обнесенного острогом. Несмотря на упорную защиту города, как осажденными, которые ежедневно делали вылазки и "билися с Русью", так и оставшимися за пределами города казанскими войсками во главе с князем Али-Гази, после пятидесятидневной осады Казань сдалась.
Летописцы писали: "Лета 6995 года июля в 9 день воеводы же великого князя Данил Холмский и прочие воеводы болгарский град Казань взяша и царя Казанского Алегама пойма-ша и с царицею, и матерь ево, и братию ево, и сестры ево изымаша, и всех их привели к великому князю на Москву". Город первый раз по-настоящему был в руках русских войск. В Москве начались торжества; звонили колокола, совершались молебны, крестные ходы, пожалования и награждения бояр.
В Европейские государства и в Крым были отправлены специальные посольства с известием о победе над Казанью. На казанский престол был вновь посажен Мухамед-Эмин. Установился протекторат Московского великого княжества над Казанским ханством. При протекторате казанский хан не имел самостоятельной внешней политики. Сношения с другими странами строго контролировались. При хане постоянно находился московский воевода - советчик. Даже женитьба хана была возможна только с разрешения великого князя. При военных действиях московского князя хан казанский должен был участвовать своим войском на его стороне. Так было, например, в 1491 году, когда московское и казанское войска выступили совместно против Орды Ахматовых детей в поддержку крымского союзника Менгли Гирея.
С установлением протектората кончается первый период борьбы за присоединение Казани к Русскому государству. Вторым периодом явились годы протектората, который с перерывами длился до 1521 года. В эти годы в Казани шла с переменным успехом ожесточенная борьба, между двумя группами господствующего класса московской и крымской ориентации. Активное участие в этой борьбе принимало Московское правительство.
После смерти Мухамед Эмина в 1519 году правительство Василия III на Казанский престол выдвинуло кандидатуру касимовского царя Шах-Алия, сына Шейх Аулияра, который никаких прав на этот престол не имел. Шейх Аулияр был племянником сарайского хана Ахмата, потомка Кичи-Мухамеда и Тимур Кутлу, непримиримых врагов Улуг Мухамеда и крымских Гиреев. Их преемники и впоследствии сохранили родовую неприязнь. Когда русское правительство вместо только что угасшей династии Улуг Мухамеда выдвинуло человека противоположной династии, это шокировало и казанских феодалов, и крымских Гиреев.
В то же время такой акт означал, что политика правительства Василия III заключалась в изоляции Казани от крымского ханства и ведения активной внешней политики против прежнего своего союзника - Крыма. Казанцы приняли Шах-Алия (Шиг-Алей по некоторым русским источникам), и он воцарился в апреле 1519 г. К. Маркс отметил это событие так: "На место Махмет-Амина Василий посадил казанским ханом Шиг-Алея, отвратительнейшего человека, который, кроме того, был ненавистен своему народу, так что народ считал его "русским ставленником".
Протекторат был вновь восстановлен. Шах-Али и правительство дали клятвенную запись в верности, до смерти не выходить из воли великого князя. Фактически правителем Казани сделался русский воевода. Правление Шах-Алия, как и он сам, многим не нравилось. После того, как некоторые феодалы стали не слушаться, он их "в темнице посади, а иных смерти предаде". Князья и другие люди восточной партии установили связь с Крымским ханством и составили заговор против Шах-Алия. И когда весной 1521 года крымский царевич Сахиб-Гирей появился со своим отрядом в 300 воинов у Казани, то город сдали ему без сопротивления. Шах-Али с семьей и московский воевода были вынуждены бежать из города в Москву.
В Казани воцарился непосредственный представитель крымской династии Сахиб-Гирей. С московским протекторатом было вновь покончено.
