После взятия Казани бывшее государственное управление полностью было ликвидировано. Из многочисленных чиновников ханской администрации часть погибла в годы войн и восстаний, часть пополнила ряды ясачни-ков или бежала, и лишь некоторые поступили на службу новой власти. Первая особенность нового управления краем состояла в разделении территории бывшего ханства на две части. Под Казанью до отъезда царя был окончательно решен вопрос о самостоятельности правобережья Волги. В Казани был оставлен наместник (первым был А. Б. Горбатый-Шуйский), и он управлял Луговой стороной. Наместник имел четверых 'меньших' воевод, ряд дьяков, подьячих, толмачей и др. Летопись сообщает, что царь 'горним людям всякую управу велел чинити во Свиясском городе, а луговым и арским велел управу в Казани чинити'. Однако вся территория бывшего Казанского ханства тогда представлялась как Казанское царство. А великий князь и царь Московский, вдобавок к 'великому князю Болгарскому' принял еще один титул 'царь Казанский'. Резиденцией казанского наместника, который с конца 50-х годов стал называться 'большим воеводой', был вновь созданный 'государев двор' в кремле. Здесь, в воеводской канцелярии и казне, вершили дела 2 дьяка, 9 подьячих и др. В Казанском крае губные учреждения с губными старостами не существовали, как это было в центральных областях России. Они являлись в них выборными органами власти и уголовного суда. Для контроля и руководства деятельностью местного управления в Москве был создан орган - приказ Казанского дворца. Приказ Казанского дворца назначал и сменял воевод и чиновников Казанского, Свияжского и других воеводств края, давал им инструкции, ведал всеми основными делами по управлению местными народами. Воеводы в XVI-XVII вв. не долго правили в одном воеводстве. Они через год или два менялись. Это происходило потому, что воевода в своем воеводстве был полновластным хозяином, его суд был окончательным. Такой порядок вынуждал правительство идти на частые смены воевод, чтобы 'в случае дурного управления не отягощать страны на долгое время...- отмечал А. Олеарий,- в случае большого дружества и расположения с населением ... эти управители не усилились и не отложились, и не сделались независимыми'. Система воеводского правления получила дальнейшее развитие в XVII в., особенно после первой крестьянской войны в начале этого столетия. Воевода ведал военным делом, судом и финансовым управлением, через дьяков и специально посланных в волости чинов сбором ясака и других поборов. В распоряжении воевод, кроме приказных воеводской избы, был штат приставов, рассылыциков и приказных целовальников. Приставы несли полицейские обязанности, занимались расследованием дел, арестами, конвоированием, охраной и т. д. Рассылыдики выполняли различные поручения воеводы, приставов, дьяков. Приказные целовальники являлись сборщиками налогов и различных сборов на местах. Эта система продолжала существовать до образования губернии в 1708 году. В XVII веке функционировала татарская судная изба, ведавшая разбором дел между татарами. Очевидно, она ведала 'судными делами' всех татар Казанского края. Для татарской слободы после ее образования выделены были 4 приказчика из детей боярских по управлению слободскими татарами. Поданным писцовых книг 1565- 1568 гг., эти приказчики жили в своих домах в Татарской слободе и давали сведения о населении. Кроме них, был еще староста, по-видимому, выборный из среды .татар. Переписная же книга 1646 года указывает только на одного подьячего татарских дел, который жил в городе, а не в слободе. Возможно, что четырех приказчиков XVI века заменила эта татарская судная изба. В 60-х годах XVI в. в Казани было семь тюрем. В дальнейшем четыре из них расширились и существовали и в XVII веке. При них возникла съезжая изба - канцелярия, где производились допросы и содержались заложники - аманаты казахских, татарских, ногайских, башкирских племен и народностей. В XVII в. был построен аманатский двор. Казань являлась не только административным центром, но и военной крепостью, опорным пунктом колонизации края. В 60-х годах XVI в. в Казани основную воинскую силу составляли стрельцы. По неполным данным, их вместе с воротниками и пушкарями было 690 человек. Разных дворян и детей боярских, кроме большого воеводы, было 180. Среди них были старые, новые жильцы и 'годовалыцики', присылаемые на год. Кроме указанных сил, в городе-крепости очень часто находились или останавливались на постой другие воинские команды. В дальнейшем количество всех видов служилых постепенно увеличивалось. Это было вызвано развитием функций государства, как внешних, так и внутренних. Казань в первые десятилетия после взятия представляла собой военный лагерь. По сообщению писцовой книги 1565 г., за каждыми воротами кремля были назначены ответственные воеводы с соответствующим числом воинов. Они ежедневно с заходом солнца затворяли свои тяжелые, железом обитые ворота на ночь и с восходом солнца открывали их. Подчиненные этим воеводам городничие ключи от ворот вечером и утром относили к большому воеводе. Ночью большой воевода объезжал кремлевские стены, башни и ворота, проверял караул и дежурных детей боярских. Один из меньших воевод являлся дежурным и его люди всю ночь проверяли сторожевые посты. На башнях стены посада в XVI в. постоянно стояла стража из боярских детей и стрельцов, вооруженных рушницами и пищалями от 4 до 10 человек. По улицам ходили вооруженные патрули по 4-6 чел. Все они находились под бдительным контролем кремлевских воевод. Самостоятельно от административно-военного управления стояла духовная власть. Правительство учредило в Казани специальную епархию, и в начале 1555 года архиепископом Казани, Свияжска, Васильсурска и Вятки с их округами был избран Гурий. Архиепископ Гурий по наказу царя и митрополита одну из главных своих задач видел в проведении христианизации татарского населения. Его дом сделался своеобразным учреждением для крещения казанских татар. Сюда их вызывали, увещевали, поили медом, т, е. подкупом и другими ухищрениями старались крестить. Даже уголовных преступников архиепископ должен был упросить у воевод и вызволить их из беды крещением. Результатом этой деятельности было появление в XVI в. новой группы татар-новокрещен или кряшен, как их стали называть впоследствии. Все делопроизводство в воеводских канцеляриях велось на русском языке. Толмачи и переводчики в основном использовались в сношениях с восточными странами. Местное население, как и везде на Руси, чтобы обратиться к властям с заявлениями, должны были нанимать людей, знающих русскую грамоту. Управление и связь казанских воевод с сельским населением осуществлялись через сотников и специально посланных в волости чиновников, приставов, казаков и воинских команд.
